Jurusan matematika saat ini menerima mahasiswa kelas kerjasama. Ada dua kelas kerjasama yang saat ini menempuh kuliah di Jurusan, kelas kerjasama itu adalah
- Kelas kerjasama dengan Pemerintah Daerah Maluku (Aru, Tual, Seram Timur), yang berlangsung sejak tahun 2006. Program studi yang diikuti mahasiswa kelas kerjasama ini adalah program studi matematika. Adapun kurikulum yang digunakan dapat diakses di sini.
- Kelas kerjasama dengan Pemerintah Kalimantan Timur (Nunukan), yang berlangsung sejak tahun 2008. Program studi yang diikuti mahasiswa kelas kerjasama ini adalah program studi pendidikan matematika. Adapun kurikulum yang digunakan dapat diakses di sini.
